「計算」→「賞与」画面で、【参照給与】に設定されている給与(空欄の場合は、前月支給日の給与)の課税対象額によって、賞与の所得税率が決まります。

【参照給与】に設定されている給与の課税対象額が違うと、賞与の支給額が同じでも所得税が人によって違います。